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Esta muy cerca de Sé Nova. Abrió en 1913 y elevado a la categoría de museo nacional en 1965. El conjunto de sus edificios fue clasificado en 1910 como Monumento Nacional. Ha sido recientemente objeto ampliación de sus espacios arquitectónicos y museológicos, siguiendo el proyecto de Gonzalo Byrne. Ahora puede dar a conocer su Criptopórtico, una de las obras más notables de la arquitectura romana en Portugal. El antiguo Palacio Episcopal se levanta sobre el Criptopórtico del foro de Aeminium que data del Siglo I d.C., constituyendo la más significativa construcción romana conservada en Portugal.